O Programa Sapiens desenvolveu uma metodologia própria que utiliza bases teóricas diversificadas que são alinhadas de forma colaborativa para criar um modelo educacional que dialoga com os estudantes e atende suas especificidades, baseada nos quatro pilares da Unesco: aprender a aprender; aprender a fazer; aprender a ser e aprender a conviver. Sua abordagem metodológica está fundamentada na interação entre o estudante e o objeto do conhecimento mediada pelo educador, fomentada na vivência com as situações problemas apresentadas no cotidiano da vida do estudante, considerando o contexto mundial e local, o que permite mobilizar o interesse do estudante frente a desafios reais e contribuir para seu engajamento social.